Nel progetto di allestimento del Museo Ornitologico e di Scienze Naturali converge una doppia istanza: l'esigenza di definire un layout di collocazione delle collezioni e dei materiali di sussidio didattico e informativo all'interno di un percorso museale scientificamente rigoroso, e nello stesso tempo la ricerca di una soluzione ottimale in base alla quale il contenuto museale si armonizzi con la qualità architettonica degli spazi in cui si inserisce.

Il progetto, oltre alla realizzazione di un museo diversamente strutturato rispetto il sistema tassonomico tradizionale, persegue anche quello di favorire la conoscenza degli spazi storici del palazzo, senza comprometterne la corretta lettura. Dalla convergenza tra queste due istanze nasce l’attuale allestimento, che inaugura il percorso già a partire dall'androne passante del piano terra con quattro grandi espositori capaci di catalizzare l'attenzione anche di chi da quel luogo passa per caso. Il Visitatore proseguirà risalendo la scala fin a giungere al piano nobile. Qui il percorso mantiene un andamento di circolarità di visita, che, in maniera continua e progressiva conduce il Visitatore attraverso gran parte degli ambienti del piano.

Grande attenzione, in ottemperanza alla vocazione didattica del Museo, è stata riservata agli apparati didattici, realizzati tramite pannelli e didascalie.